來吧！聖杯戰爭要繼續開始了───

　　在終結了第五次聖杯戰爭的冬木市，不知為何英靈卻仍存在於現世中，還和主人們過著平穩的生活。

　　衛宮士郎對這樣的日常生活總覺得有點怪，因而展開調查，並察覺到以往不曾有過的不平安的“夜晚”已經到來，並遇到了不明物體的怪物。

　　結果，趁著黑夜混進來的新主人和英靈開始展開了行動。

　　幻覺與記憶交錯的「Ｆａｔｅ／ｓｔａｙ　ｎｉｇｈｔ」之正統續集，大家期待已久的第二集終於來了！