伊藤始一尉之死，已經過了一段時間。這段時間內，實驗部隊被解散，部隊裡的大家被分配到了軍隊各個單位。夏海爾的威脅依舊存在，然而此時令人震驚的事情發生了，侍所研發的最新兵器，居然在運送的途中，連同最新型戰艦一起被人搶走！塚原究竟要如何追回這批武器……？