第三世代EMES被奪走、神永與圓谷等侍所內的領袖們失蹤……這一切雖然是神永一佐設計的計畫，卻讓侍所內瀰漫著一股詭譎的氣氛，更讓軍方的監察部有辦法藉此機會監控侍所。另一方面，夏海爾痛失幾名大將後，主意識「亞札達」終於打算派出具名指揮官，發動反擊……